黑曲霉在发酵肥料，特别是有机肥料方面的应用：在生物肥料方面的应用主要是作为解磷真菌使用。由于黑曲霉在发酵生长过程中，产生大量草酸和柠檬酸等多种有机酸和植酸酶等多种酶，从而使有机磷和无机磷得以溶解并被作物吸收利用。试验表明：黑曲霉可使土壤中的速效磷含量增加以上，增加140.94%。又黑曲霉添加的生物有机肥，可以部分替代磷化肥。故黑曲霉常用于生物有机肥添加，有机肥发酵剂添加在生物肥料工业上，黑曲霉具有裂解大分子有机物和难溶无机物，便于作物吸收利用，改善土壤结构，增强土壤肥力，提高作物产量的效果。这样发酵出来的有机肥才会更安全，肥效也会更好，具体好处表现在：  1、抗病促长。有机物料在发酵处理过程中，伴随着微生物的大量快速繁殖和一系列复杂的生化反应过程，微生物在繁殖过程中会产生大量的代谢物质（如酶、激素、抗生素，不是外来的化学激素抗生素，只有好处而无任何毒副作用），其中激素可刺激作物快速生长发育；而抗生素则能明显抑制土传病菌的传播，提高作物抗病、抗逆性能。而不发酵处理的粗制有机肥不但没有这些优点，反而由于其自身带有致病菌，成为传播作物病害的主要传染源。  2、肥效好。由于一般物料生产周期仅3-7天，尽可能地避免了有机物料中的养分的流失，加上微生物的作用，把一些作物难以吸收利用的物质（如难溶的磷钾矿物质）、纤维素木质素转化成可被作物吸收利用的速效养分，肥效比不发酵要好得多。  3、使用安全。由于发酵处理过程有机物料得到了彻底的腐熟，因而施到地里不会产生二次发酵和烧根烧苗现象，使用非常安全。  4、使用方便。有机物料经发酵剂发酵并充分腐熟后械施用，使有机肥的发酵有机肥，气味芳香、质感疏散、便于施用；制粒后还可机械施用，使有机肥的脏粘臭等弊端得到彻底改观，极大地改善了施用者的工作生活环境。  5、提高化肥利用率。发酵过程中大量快速繁殖起来的功能细菌能起到一定的固氮、解磷解钾作用，特别是使被固定和浪费的磷钾元素经微生物作用而被重新利用（化肥的利用率只有30%，其他70%被渗漏、被固定或流失），大大提高了作物对化肥的利用率，降低了成本。6、培肥地力。发酵有机肥中丰富的有机质及有益微生物能促进土壤团粒结构的形成，极大地改善了土壤的微生态系统环境，增强了土壤透气性及土壤保水保肥性能，是土壤有了可持续增产增收的潜力。  7、提高农产品品质。经充分腐熟的有机肥，养分全面，并兼有多种生物活性，所以施用后能明显改善农产品品质，生产出真正无公害，从而达到增产又增收的目的，这些是化肥所无法比拟的。